并行計(jì)算機(jī)與并行計(jì)算課件



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1、Click to edit Master title style,Click to edit Master text styles,Second level,Third level,Fourth level,Fifth level,11/7/2009,,?#?,,C,enter of,,C,omputational,C,hemistry,情況介紹,分子反應(yīng)動(dòng)力學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,交叉分子束動(dòng)力學(xué)課題組,理論與計(jì)算化學(xué)國(guó)際合作中心,,,研究員2人,其中一位為中國(guó)科學(xué)院院士,高級(jí)訪(fǎng)問(wèn)學(xué)者1人,博士后研究人員6人,,博士研究生18人,碩士研究生4人,與多個(gè)國(guó)際學(xué)術(shù)團(tuán)隊(duì)有很好的合作,與紐約大學(xué)化學(xué)系張?jiān)?/p>
2、輝教授合作建立理論與,計(jì)算化學(xué)國(guó)際合作研究中心,主要研究工作,實(shí)驗(yàn)方面:,,,交叉分子束對(duì)光解,碰撞反應(yīng),立體化學(xué)動(dòng)力學(xué)的研究,激光誘導(dǎo)熒光方法對(duì)光解,立體化學(xué)動(dòng)力學(xué)的研究,飛秒激光對(duì)超快動(dòng)力學(xué)過(guò)程的研究,理論方面:,,,準(zhǔn)經(jīng)典軌線(xiàn)方法對(duì)反應(yīng)動(dòng)態(tài)學(xué)的研究,量子力學(xué)方法對(duì)反應(yīng)動(dòng)態(tài)學(xué)的研究,復(fù)雜體系勢(shì)能面的構(gòu)造,擬和,量子化學(xué)及其他方法對(duì)分子結(jié)構(gòu),物質(zhì)特性,化學(xué)反應(yīng)過(guò)程的研究,1997-2001年,發(fā)表文章84篇,其中英文66篇,HPC Server,并行計(jì)算機(jī)與并行計(jì)算,為什么要建造并行計(jì)算機(jī),并行計(jì)算機(jī)的類(lèi)型,什么是并行計(jì)算,并行進(jìn)程的特性及并行模型的分類(lèi),工作站集群(,COW),的基本結(jié)構(gòu),
3、中國(guó)科學(xué)院十五計(jì)劃中關(guān)于并行計(jì)算部分,為什么要建造并行計(jì)算機(jī),什么是超級(jí)計(jì)算環(huán)境,,超級(jí)計(jì)算(,Supercomputing),,從技術(shù)的意義上說(shuō),是為了在問(wèn)題的求解上具有更快的速度、更高的精度、更大的規(guī)模、更好的性能價(jià)格比而采用的非主流計(jì)算的設(shè)施和方式。,,計(jì)算速度的要求,問(wèn)題: 科學(xué)和工程問(wèn)題的數(shù)值模擬與仿真,計(jì)算密集,數(shù)據(jù)密集,網(wǎng)絡(luò)密集,三種混合,要求:在合理的時(shí)限內(nèi)完成計(jì)算任務(wù),秒級(jí) 制造業(yè),分鐘級(jí) 短時(shí)天氣預(yù)報(bào)(當(dāng)天),小時(shí)級(jí) 中期天氣預(yù)報(bào)(3~10日),盡可能快 長(zhǎng)期天氣預(yù)報(bào)(氣候),可計(jì)算 湍流模擬,,問(wèn)題的規(guī)模,,,計(jì)算機(jī)的規(guī)模:,TOP10 (2001,年7月),IB
4、M Builds World's Fastest,Supercomputer to Simulate,Nuclear Testing for U.S. Energy,Department,以動(dòng)物的食物鏈為例,打破高性能計(jì)算的壁壘,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2100,,,,,,,,,2100,,,,,,,,2100,,,,,,,,2100,,,,,,,,2100,,,,,,,,2100,,,,,,,,2100,,,,,,,,2100,,,,,,,,2100,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
5、,,,,,,,,,,,,,,,,單處理器,共享存儲(chǔ),局域并行機(jī)群,廣域并行機(jī)群,GFLOPS,并行計(jì)算機(jī)分類(lèi),Flynn,分類(lèi)法,SISD(,單指令流單數(shù)據(jù)流)系統(tǒng),SIMD(,單指令流多數(shù)據(jù)流)系統(tǒng),MISD(,多指令流單數(shù)據(jù)流)系統(tǒng),MIMD(,多指令流多數(shù)據(jù)流)系統(tǒng),,,,五種物理機(jī)模型: 實(shí)際的機(jī)器體系結(jié)構(gòu),,PVP (Parallel Vector Processor,,并行向量機(jī)),,SMP (Symmetric Multiprocessor,,對(duì)稱(chēng)多處理機(jī)),,MPP (Massively Parallel Processor,,大規(guī)模并行處理機(jī)),,COW (
6、Cluster of Workstation,,工作站機(jī)群),,DSM (Distributed Shared Memory,,分布共享存儲(chǔ)多處理機(jī)),,幾種我們常見(jiàn)的并行計(jì)算機(jī),CPU,CPU,CPU,…,總線(xiàn)或交叉開(kāi)關(guān),SM,(,a) SMP,,物理上單一地址空間,CPU,CPU,CPU,…,定制網(wǎng)絡(luò),LM,LM,LM,虛擬分布共享存儲(chǔ)(,DSM),,,,(,b) DSM,,邏輯上單一地址空間,P/C,P/C,P/C,…,定制/標(biāo)準(zhǔn)網(wǎng)絡(luò),LM,LM,LM,(,c) Cluster/COW,,物理/邏輯上多地址空間,,SMP,MPP,MPP,…,WAN,LM,DSM,SM,(,d) Gri
7、d (Cluster of Clusters),什么是并行計(jì)算,并行進(jìn)程的表述,及并行模型的分類(lèi),什么是并行計(jì)算,,,,,,,進(jìn)程 1,,,發(fā)送信息,,,進(jìn)程 2,,,接收信息,,,,,,,,傳統(tǒng)的,串行計(jì)算,,,分為“指令”,和“數(shù)據(jù)”兩個(gè)部分,并在程序,執(zhí)行時(shí)“獨(dú)立地申請(qǐng)和占有”內(nèi),存空間,且所有計(jì)算均局限于,該內(nèi)存空間。,,并行計(jì)算,將,進(jìn)程相對(duì)獨(dú)立的,分配于不同的節(jié)點(diǎn)上,由,各自獨(dú)立的操作系統(tǒng)調(diào)度,,享有獨(dú)立的,CPU,和內(nèi)存資源,(內(nèi)存可以共享);進(jìn)程間,相互信息交換通過(guò)消息傳遞,;,,,進(jìn)程 1,,,,,進(jìn)程 2,,,,并行算法的表述,在并行算法的表述中,所有描述串行算法的語(yǔ)句及進(jìn)
8、程均可調(diào)用,,而只是為了表達(dá)并行性而引入幾條所謂的并行語(yǔ)句,當(dāng)幾個(gè)算法步要并行執(zhí)行時(shí), 我們可以寫(xiě)作,,Do,step i,to,j,in parallel,,step,,i,,step,,i,+1,…,,step j,或者是: 當(dāng)幾個(gè)處理器同時(shí)執(zhí)行相同的操作時(shí),我們可以寫(xiě)作,,for all,i,parallel do,.,.,.,end for,例如,n=2**k,個(gè)數(shù)的求和,輸入:,n=2**k,個(gè)數(shù)存入數(shù)組,A,中,輸出:,S=sigma(A(i)),,begin,(1) for i,=,1 to 4 parallel do,B(i),?A(i),end for,(2) for h,=
9、,1 to logn=2 do,for i=1 to n/2**h=1 parallel do,B(i),?B(2i-1) + B(2i),end for,end for,(3) S?B(i),end,,把每一個(gè),A(i),賦給,B(i,),n=4,k=2,,就是4個(gè)數(shù)的加和,h= 1 to 2,h=1,I=1 to 2 (4/2**1),B(1),?B(1)+B(2),B(2)?B(3)+B(4),h=2,I=1 to 1 (4/2**2),B(1)?B(1)+B(2),S?B(1),,若有2**2=4個(gè)處理器,則在1(,h),級(jí)可能的并行,運(yùn)算數(shù)目為4/2**1=2.則運(yùn)算任務(wù)分?jǐn)偨o前兩個(gè)
10、,處理器,硬件結(jié)構(gòu)抽象模型(自然模型),共享存儲(chǔ),的模型和語(yǔ)言(適于,PVP, SMP, DSM),X3H5, Pthread,OpenMP,消息傳遞,的模型和語(yǔ)言(適于,MPP, Cluster, COW),MPI (,Fortran, C, Gamess, Vasp,),PVM (,Fortran, C,),數(shù)據(jù)并行,的模型和語(yǔ)言(適于在,MPP/Cluster,上實(shí)現(xiàn),SPMD,應(yīng)用),Fortran 90,HPF(High Performance Fortran),并行模型的分類(lèi),基于程序構(gòu)造的模型,CSP,Linda (,Fortran, C, Gaussian,),Global
11、(,Molpro,Columbus,),,基于問(wèn)題描述的模型,GAMMA,UNITY,,基于并行計(jì)算理論的模型,PRAM,BSP,LogP,Yale,大學(xué),Nicholas Carriero,和,David Gelernter,于1986年基于分散數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)和共享存儲(chǔ)系統(tǒng)的并行計(jì)算模型.,,Linda,模型定義了一個(gè)功能強(qiáng)大的邏輯存儲(chǔ)器(,TS),和在其上的一組核心操作(,in, out, read, eval),,它們能夠方便地嵌入到不同的語(yǔ)言(如,,C, Fortran),中而構(gòu)成相應(yīng)的并行語(yǔ)言(,C-Linda,和,Fortran-Linda,等),該模型同時(shí)還支持動(dòng)態(tài)程序設(shè)計(jì)和兩種不同的
12、編程風(fēng)格(,Master/Slaver,和,Divide-and-Conquer),,為用戶(hù)開(kāi)發(fā)不同類(lèi)型 的應(yīng)用程序提供了靈活的手段.,Linda,模型,(進(jìn)程從,TS,中提取任務(wù)或數(shù)據(jù)進(jìn)行計(jì)算, 并將結(jié)果或生成的新任務(wù)放入,TS,中. 并行執(zhí)行,的進(jìn)程之間通過(guò),TS,進(jìn)行間接的通信和同步.,TS,是一個(gè)可被多個(gè)進(jìn)程共享的、能同時(shí)存放,數(shù)據(jù)和任務(wù)的數(shù)據(jù)箱),,,TS,共享數(shù)據(jù)箱,,進(jìn)程 2,,,進(jìn)程 4,,,進(jìn)程 3,,,進(jìn)程 1,,,,,Linda,模型的應(yīng)用,-,Linda in Gaussian,HF: SP Opt Freq,MP2: Sp Opt Freq,DFT: SP Op
13、t Freq,-,可以將串行代碼改編為并行代碼,支持,C,和,Fortran,語(yǔ)言,,MPI,已經(jīng)成為一種標(biāo)準(zhǔn),應(yīng)用越來(lái)越廣泛。而最流行的,MPI,工具集當(dāng)屬,mpich〔http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich〕,,是目前高效率的超大規(guī)模并行計(jì)算(1000個(gè)處理器)最可信賴(lài)的平臺(tái)。,在當(dāng)前所有的消息傳遞軟件中, 最重要最流行的是,MPI,,它能運(yùn)行在所有的并行平臺(tái)上, 包括,SMP,和,PVP.,二者已經(jīng)在,Windows NT,和,Windows 95,這樣的非,Unix,平臺(tái)上實(shí)現(xiàn). 程序設(shè)計(jì)語(yǔ)言支持,C, Fortran,和,Java.,在國(guó)產(chǎn)的三大
14、并行機(jī)系列神威、銀河和曙光上都實(shí)現(xiàn)了對(duì),MPI,和支持.,MPI,(Message Passing Interface),MPI,模型,目標(biāo): 是提供一個(gè)實(shí)際可用的、可移植的、高效的和靈活的消息傳遞,接口標(biāo)準(zhǔn).,MPI,以語(yǔ)言獨(dú)立的形式來(lái)定義這個(gè)接口庫(kù), 并提供了與,C、,Fortran,和,Java,語(yǔ)言的綁定. 這個(gè)定義不包含任何專(zhuān)用于某個(gè)特別的,制造商、操作系統(tǒng)或硬件的特性. 由于這個(gè)原因,,MPI,在并行計(jì)算界,被廣泛地接受.,MPI,并行程序設(shè)計(jì)平臺(tái)由,標(biāo)準(zhǔn)消息傳遞函數(shù)及相關(guān)輔助函數(shù),構(gòu)成,多個(gè)進(jìn)程通過(guò)調(diào)用這些函數(shù)(類(lèi)似調(diào)用子程序),進(jìn)行通信;,一個(gè)程序同時(shí)啟動(dòng)多份,形成多個(gè)獨(dú)立的進(jìn)
15、程,,在不同的處理機(jī)上運(yùn)行,擁有獨(dú)立的內(nèi)存空間,,進(jìn)程間通信通過(guò)調(diào)用,MPI,函數(shù)來(lái)實(shí)現(xiàn);每個(gè)進(jìn)程,開(kāi)始執(zhí)行時(shí),將獲得一個(gè)唯一的序號(hào)(,rank)。,例如啟動(dòng),P,個(gè)進(jìn)程,序號(hào)依次為0,1,…,,P-1;,,MPI,并行進(jìn)程的實(shí)現(xiàn),,消息傳遞是相對(duì)于進(jìn)程間通信方式而言的,與具體并行機(jī)存儲(chǔ)模式無(wú)關(guān),,任何支持進(jìn)程間通信的并行機(jī),均可支持消息傳遞并行程序設(shè)計(jì);幾乎,有共享和分布存儲(chǔ)并行計(jì)算環(huán)境均支持進(jìn)程間的消息傳遞通信;,,進(jìn)程0發(fā)送一個(gè)整數(shù)給進(jìn)程1;進(jìn)程1將該數(shù)加1,傳遞給進(jìn)程2;進(jìn)程2再將,該數(shù)加1,再傳遞給進(jìn)程3;依次類(lèi)推,最后,進(jìn)程,N-1,將該數(shù)傳遞給進(jìn)程0,,由進(jìn)程1負(fù)責(zé)廣播該數(shù)給所有
16、進(jìn)程,并打印輸出。,,,進(jìn)程 1,傳遞信息,,,進(jìn)程 3,傳遞信息,,,進(jìn)程 2,傳遞信息,,,進(jìn)程 0,傳遞信息,,,,,,,,,,,在商品化的并行機(jī)上,,MPI,的環(huán)境一般是由系統(tǒng)管理人員事先設(shè)置好的,用戶(hù)不需要變動(dòng)它.而在用戶(hù)自已配置的,NOW(,工作站機(jī)群)上運(yùn)行,MPI,程序則需要設(shè)置以下配置文件:(1)由于加載程序到結(jié)點(diǎn)上運(yùn)行需要調(diào)用了,Unix,系統(tǒng)的,rsh,命令,所以需要在每個(gè)結(jié)點(diǎn)上設(shè)置 .,rhosts,文件,以使,rsh,能正確執(zhí)行;(2) 由于,NOW,環(huán)境的異構(gòu)性,需要在啟動(dòng)時(shí)指定運(yùn)行結(jié)點(diǎn)的體系結(jié)構(gòu);若未指定,是指使用與啟動(dòng)并行程序的結(jié)點(diǎn)具有相同體系結(jié)構(gòu)的
17、結(jié)點(diǎn).在啟動(dòng)并行程序的機(jī)器里,具有相同體系結(jié)構(gòu)的幾臺(tái)機(jī)器的名字存放在一個(gè)名為$,MPICH/util/machines/machines.,的文件中,一臺(tái)機(jī)器的名字占有文件的一行,其中$,MPICH,是一個(gè)環(huán)境變量,指明,MPICH,軟件安裝后所在的目錄.并行程序加載運(yùn)行時(shí)是按照文件中機(jī)器名字的先后順序依次加載的.,商業(yè)機(jī)中的,MPI,程序用以下并行,C,編譯器,mpcc,來(lái)編譯:,執(zhí)行下列命令將可執(zhí)行程序,myprog,加載到,n,個(gè)節(jié)點(diǎn)上:,mpcc myprog.c –o myprog,mpirun myprog –np n,,MPI,進(jìn)程是重型的單線(xiàn)進(jìn)程. 它們擁有不同的地址空
18、間. 因此, 一個(gè)進(jìn)程不能直接訪(fǎng)問(wèn)另一個(gè)進(jìn)程地址空間中的變量. 進(jìn)程間的通信用消息傳遞來(lái)實(shí)現(xiàn).,MPI,的編譯與運(yùn)行,工作站集群(,COW),的基本結(jié)構(gòu),,COW,簡(jiǎn)介,工作站機(jī)群(,Cluster of Workstation),是,將一群工作站用某種結(jié)構(gòu)的網(wǎng)絡(luò)互聯(lián)起來(lái),充分利用各工作站的資源,統(tǒng)一調(diào)度、協(xié)調(diào)處理,以實(shí)現(xiàn)高效并行計(jì)算。,,通信原語(yǔ)庫(kù)以及并行程序設(shè)計(jì)環(huán)境工具:,,MPI、PVM、linda,互聯(lián)網(wǎng)絡(luò):,,LAN(,Myricom Myrinet/Gigabite/Ethernet,),節(jié)點(diǎn):,,高檔微機(jī),對(duì)稱(chēng)多處理機(jī),SMP,操作系統(tǒng):,,Unix、Linux、NT、,改進(jìn)和修
19、改的操作系統(tǒng),通信協(xié)議:,,TCP/IP、,特定的協(xié)議,,基本實(shí)現(xiàn)原理,1,網(wǎng)絡(luò)文件系統(tǒng),NFS(Unix、Linux) 、,網(wǎng)絡(luò)驅(qū)動(dòng)器(,Windows),MFS(Mosix kernel)...,2,網(wǎng)絡(luò)信息服務(wù),NIS (Unix、Linux) 、NIS+(Solaris)、,域(,NT),3,并行開(kāi)發(fā)環(huán)境及編譯器,MPI、PVM ,Linda, HPF,,GNU GCC/G77,,…,4,數(shù)學(xué)庫(kù),,Free Scalapack...,5,通信軟件,,Free Myricom GM,6,作業(yè)管理,,GNU Open PBS,7,系統(tǒng)管理,,GNU SCMS,8,監(jiān)控管理,,GNU OSC
20、AR,9,負(fù)載均衡,,Mosix,,,?,,軟件配置,:,操作系統(tǒng),:每一個(gè)節(jié)點(diǎn)都裝有多用戶(hù),多任務(wù)的,RH 7.2 linux(2.4.19),網(wǎng)絡(luò)文件系統(tǒng):,NFS,MFS,網(wǎng)絡(luò)信息系統(tǒng),:,NIS,編譯器,:,GNU C, GNU Fortran 77, Absoft F95 F90 F77, PGI F90 F77,C C++,并行開(kāi)發(fā)環(huán)境,:,LINDA, MPI,負(fù)載均衡,:,Mosix,數(shù)據(jù)并行語(yǔ)言高性能編譯器和運(yùn)行庫(kù),:,HF77, PGI HPF,F(xiàn)ree Scalapack,計(jì)算軟件,:,Parallelized Gaussian 98 A.9 (with Linda su
21、pport),,Gamess, Molpro,,各種自編程序和交流程序,HPC Server,中國(guó)科學(xué)院十五計(jì)劃中,關(guān)于并行計(jì)算部分,中國(guó)科學(xué)院網(wǎng)絡(luò)信息中心高性能計(jì)算研究室,現(xiàn)有計(jì)算設(shè)備,:,-Power Challenge XL,并行對(duì)稱(chēng)多處理系統(tǒng),,,,,,-日立,SR2201,超級(jí)計(jì)算并行機(jī)系統(tǒng),,,,,,-曙光2000-,II,超級(jí)服務(wù)器,,詳細(xì)配置可以查詢(xún):,,預(yù)備引進(jìn),:,,-聯(lián)想,i,Cluster1800,高性能機(jī)群服務(wù)器(已由數(shù)學(xué)研究院引進(jìn),正在試運(yùn)行),,-超過(guò)2萬(wàn)億次的超級(jí)計(jì)算機(jī)(預(yù)計(jì)2004年9月到位),目前正在征求意見(jiàn),建立用戶(hù)資料庫(kù),1.,什么任務(wù)適合在超級(jí)計(jì)算環(huán)境
22、內(nèi)運(yùn)行,?,一般來(lái)說(shuō),計(jì)算量極大而使,PC,不能滿(mǎn)足要求或者根本不能計(jì)算的任務(wù)是適合在,超級(jí)計(jì)算環(huán)境中運(yùn)行的。比如,,,(1)需要分布式并行處理的科學(xué)計(jì)算任務(wù),包括:由于對(duì)計(jì)算資源要求過(guò)大而,使現(xiàn)在的硬件條件無(wú)法滿(mǎn)足要求的計(jì)算任務(wù),通過(guò)將串行源代碼改編為并行源,代碼來(lái)進(jìn)行計(jì)算,或者有通行的并行計(jì)算程序(商業(yè)或非商業(yè));,(2)雖然可以計(jì)算但是時(shí)間過(guò)長(zhǎng)的問(wèn)題等。,,,2.,超級(jí)計(jì)算環(huán)境可以提供怎樣的支持,?,現(xiàn)行的超級(jí)計(jì)算環(huán)境是基于,Linux,或,Unix,操作系統(tǒng)的,所以對(duì)于商業(yè)程序,應(yīng)該是,支持這兩種操作系統(tǒng)的;而對(duì)于自編的源代碼,可以在超級(jí)計(jì)算機(jī)上編譯通過(guò)產(chǎn)生,可執(zhí)行文件。如果希望把串行
23、的代碼改編為并行,可以得到超級(jí)計(jì)算中心技術(shù)人員,的幫助。,,我們所的使用,量子化學(xué)和化學(xué)動(dòng)力學(xué)涉及的相關(guān)課題,生物分子、藥物分子的設(shè)計(jì)、模擬及結(jié)構(gòu)特性,基元化學(xué)反應(yīng)的量子化學(xué)研究,材料科學(xué)和表面科學(xué),物理有機(jī)化學(xué)及催化過(guò)程的研究,催化反應(yīng)動(dòng)力學(xué)及其表征,,量子動(dòng)力學(xué)研究分子的動(dòng)態(tài)過(guò)程,,PEMFC,內(nèi)流體流動(dòng)與傳遞現(xiàn)象研究,,流場(chǎng)理論計(jì)算及多維物理場(chǎng)耦合計(jì)算,,謝謝!,內(nèi)容總結(jié),情況介紹。博士研究生18人,碩士研究生4人。與多個(gè)國(guó)際學(xué)術(shù)團(tuán)隊(duì)有很好的合作,與紐約大學(xué)化學(xué)系張?jiān)鲚x教授合作建立理論與。問(wèn)題: 科學(xué)和工程問(wèn)題的數(shù)值模擬與仿真。秒級(jí) 制造業(yè)。分鐘級(jí) 短時(shí)天氣預(yù)報(bào)(當(dāng)天)。小時(shí)級(jí) 中期天氣預(yù)報(bào)(3~10日)??捎?jì)算 湍流模擬。GFLOPS。而只是為了表達(dá)并行性而引入幾條所謂的并行語(yǔ)句。例如 n=2**k個(gè)數(shù)的求和。輸入: n=2**k個(gè)數(shù)存入數(shù)組A中。若有2**2=4個(gè)處理器,則在1(h)級(jí)可能的并行。運(yùn)算數(shù)目為4/2**1=2.則運(yùn)算任務(wù)分?jǐn)偨o前兩個(gè)。硬件結(jié)構(gòu)抽象模型(自然模型)。數(shù)據(jù)和任務(wù)的數(shù)據(jù)箱)。-可以將串行代碼改編為并行代碼。任何支持進(jìn)程間通信的并行機(jī),均可支持消息傳遞并行程序設(shè)計(jì)。由進(jìn)程1負(fù)責(zé)廣播該數(shù)給所有進(jìn)程,并打印輸出。流場(chǎng)理論計(jì)算及多維物理場(chǎng)耦合計(jì)算。謝謝,
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