《蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè).ppt》由會(huì)員分享，可在線閱讀，更多相關(guān)《蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè).ppt（29頁(yè)珍藏版）》請(qǐng)?jiān)谘b配圖網(wǎng)上搜索。

第3章蛋白質(zhì)序列分析,3.1蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)分析3.2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)特性分析3.3蛋白質(zhì)功能特性分析3.4蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)3.5蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),3.4蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),,,,,,,,,,,,,,164,預(yù)測(cè)目的：看一看所提交的蛋白質(zhì)序列在哪里會(huì)形成α-螺旋和β-折疊？現(xiàn)階段：準(zhǔn)確率不高。,,,3.4.1SOPMA,網(wǎng)址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html,,,2)Clickhere.,,1)Pasteyoursequencehere.,Example3-23,對(duì)下面的蛋白質(zhì)序列做二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ,,ResultofSOPMA(1/2),ResultofSOPMA(2/2),3.4.2PredictProtein(1/6),,,,,,,,,,,,,,166,網(wǎng)址：http://www.predictprotein.org/,,,Clickhere,,PredictProtein(2/6),swjs@8879705988797059,ShengwuJishu,,Thenclickhere,PredictProtein(3/6),,Clickhere,,PredictProtein(4/6),swjs@88797059,,Thenclickhere,PredictProtein(5/6),,Clickhere,,PredictProtein(6/6),Study1,,Thenclickhere.,,Pasteyoursequencehere.,Example3-24,,,,,,,,,,,,,,165,對(duì)下面的序列進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析。MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ,,Wait...(about5minutes),,Clickhere,Toreceiveyouremail,,將該網(wǎng)址復(fù)制后粘貼到網(wǎng)頁(yè)瀏覽器中打開(kāi),預(yù)測(cè)結(jié)果目錄,圖3.87對(duì)序列進(jìn)行PROSITE搜索,,,,,蛋白激酶C磷酸化位點(diǎn)S/T-R/K,酪蛋白激酶II磷酸化位點(diǎn)S/T--D/E,酪氨酸激酶磷酸化位點(diǎn),十四烷酰化位點(diǎn),圖3.88SEG搜索的低復(fù)雜度序列,,,,,是指編碼這些氨基酸的DNA序列為低復(fù)雜度序列,圖3.89ProDom搜索結(jié)果,PSI-BLAST搜索結(jié)果,圖3.90以MSF格式顯示比對(duì)(1/2),圖3.90以MSF格式顯示比對(duì)(2/2),圖3.91PROF預(yù)測(cè)結(jié)果（普通）,AA:氨基酸OBS_sec:二級(jí)結(jié)構(gòu)的觀測(cè)值PROF_sec:預(yù)測(cè)的二級(jí)結(jié)構(gòu)Rel_sec:預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)的可信度SUB_sec:預(yù)測(cè)的二級(jí)結(jié)構(gòu)的集合H:螺旋E:折疊L:隨機(jī)卷曲O_3_acc:相對(duì)親水表面的觀測(cè)值P_3_acc:預(yù)測(cè)的相對(duì)親水表面(b=0~9%,i=9%~36%,e=36%~100%)Rel_acc:預(yù)測(cè)親水表面的可信度SUB_sec:預(yù)測(cè)的親水表面的集合,PROF預(yù)測(cè)結(jié)果（詳細(xì)）,圖3.92球蛋白預(yù)測(cè),Practice,,把剛才課堂上講的內(nèi)容練習(xí)一遍。,,Summary,SOPMAPredictProtein,SOPMA,網(wǎng)址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html,,,2)Clickhere.,,1)Pasteyoursequencehere.,PredictProtein,,,,,,,,,,,,,,166,網(wǎng)址：http://www.predictprotein.org/,,,Clickhere,,